Наполнение производится через обратимые гидроагрегаты Кубанской гидроаккумулирующей электростанции (ГАЭС), при этом она работает в генераторном режиме и вырабатывает электроэнергию. В этом году, половодье на реке Кубань ещё не началось из-за малоснежной зимы, По данным Росгидромета запасы снега в горах Северного Кавказа существенно ниже нормы среднемноголетних значений. График заполнения Кубанского водохранилища будет корректироваться в соответствии с погодными условиями.
Сейчас в Большой Ставропольский канал из реки Кубань подаётся порядка 57,7 кубометра воды в секунду, к ГАЭС поступает 52,5 кубометра в секунду. Из них 19,5 идёт через ГАЭС на наполнение Кубанского водохранилища, а 33 кубометра проходит дальше по каналу к станциям Каскада Кубанских ГЭС и другим водопользователям, а затем возвращается в реку Кубань.
В режиме выработки электроэнергии ГАЭС будет работать до конца августа, пока в водохранилище не наберется 474,8 миллионов кубических метров воды. Накопленная вода будет расходоваться с сентября 2020 до мая 2021 года в интересах всех водопользователей, в том числе нижележащими гидростанциями Каскада Кубанских ГЭС.
Гидроэлектростанции Каскада расположены на Большом Ставропольском и Невинномысском каналах. Вода из реки Кубань подается в каналы зарегулированным потоком через шлюзы-регуляторы.
Кубань, которая берёт начало на западном склоне горы Эльбрус и собирает сток с площади одиннадцать тысяч квадратных километров, течёт по территории Карачаево-Черкесии, Ставропольскому краю, Краснодарскому и впадает в Азовское море. Забор воды из реки Кубань производится по двум каналам — Большому Ставропольскому и Невинномысскому. По этим каналам, на которых и расположены гидроэлектростанции каскада, снабжаются так же водопользователи (промышленное, бытовое водоснабжение Карачаево-Черкесской Республики и Ставропольского края, обводнительно-оросительные системы Ставропольского края, Карачаево-Черкесии и Ростовской области).
