Сергей Харченко навсегда остался 20-летним парнем. Его жизнь трагически оборвалась 14 июня 1995 года. В тот черный день старшина заступил в караул в здании Буденновского ОВД. Войдя в город, басаевцы, первым делом пытались прорваться во двор местного отдела милиции, чтобы захватить автомобили. Автоматными очередями Сергей Харченко заставил бандитов отступить, а после начал их преследовать, стрельбой не давая им возможности продвигаться и захватывать заложников.
Боец ОМОН занял позицию на лестничном пролете в здании детского сада вместе с группой сотрудников милиции, держа под прицелом здание больницы, где уже сосредоточилась основная часть боевиков банды Басаева. Ведя прицельный автоматический огонь Сергей Харченко в течение ночи с 14 на 15 июня 1995 года неоднократно пресекал попытки боевиков выйти из здания больницы в город. 15 июня он погиб от пули снайпера при отражении очередного прорыва блокированных боевиков из больницы.
Указом Президента Российской Федерации от 15 апреля 1996 года № 554 награждён орденом Мужества (посмертно).
«Ежегодно сотрудники спецподразделения чтят память своих погибших товарищей. В состоявшемся митинге приняли участие руководящий и личный состав ОМОН Управления Росгвардии по Ставропольскому краю», - рассказали в пресс-службе Управления Росгвардии по Ставропольскому краю.
К собравшимся обратился командир ОМОН полковник полиции Дмитрий Чернов, который рассказал молодым бойцам о героическом подвиге товарища. Сотрудники почтили память коллеги минутой молчания и возложили цветы к Мемориалу сотрудников ОМОН погибших при исполнении служебных обязанностей.