В 1948 году 10 августа в сеть были включены первые два гидроагрегата установленной мощностью 5 МВт. На полную мощность гидростанция вышла 31 января 1954 года. За годы эксплуатации станция выработала почти 2,7 млрд киловатт часов электроэнергии.
Возведение Свистухинской ГЭС началось в 1937 году вблизи поселка Свистухинский и велось одновременно с сооружением Невинномысского канала, предназначенного для обводнения засушливых степей Ставропольского края и Ростовской области. Основные работы на объектах выполнены в годы Великой Отечественной войны, строили канал и гидроэлектростанцию в основном женщины и военнопленные. Причем использовался ручной труд и гужевой транспорт близлежащих сел и г. Невинномысска.
Первые генераторы и турбины станции были произведены в Швеции и доставлены на стройплощадку еще до начала Великой Отечественной войны. Когда в 1942 году Ставрополье оккупировали немцы, гидростроители спрятали оборудование в степи – закопали его в землю.
Госкомитет обороны 11 февраля 1944 года принял постановление о возобновлении строительства Невинномысского канала и Свистухинской ГЭС. Турбины и генераторы вновь переправили на стройплощадку, и до самого начала монтажных работ оборудование охраняли войска НКВД.
Щиты плотины были подняты в два часа дня 1 июня 1948 года, вода хлынула в Невинномысский канал. На следующий день долгожданная кубанская вода, необходимая для орошения и обводнения засушливых степей Ставрополья, пройдя около 70 километров, достигла станицы Сенгилеевской.
В 90-х годах прошлого столетия произошло второе рождение станции. В 1995-1997 годах были заменены третий и четвертый генераторы, в 2002 году – первый и второй. Благодаря строительству нового холостого водосброса в 2005 году пропускная способность Свистухинского гидроузла увеличилась с 75 до 135 м³/с.
В 2017 году на Свистухинской ГЭС провели ремонт фасада здания ГЭС без нарушения архитектурных решений 40 годов прошлого века. Произвели ремонт зон переменного уровня верхнего бьефа и нижнего бьефа ГЭС. Скоро на Свистухинской ГЭС начнётся реконструкция ОРУ-110кВ с установкой КРУЭ-110кВ.
